You are here
Home > articles

OpenMPI.

Apne MPI er et Message Passing Interface (MPI) som brukes til a slappe av for parallelle beregninger.

mpi4py OpenMPI.

Denne pakken gir Python-bindinger for MIC-standarden (Message Passing Interface). Det er implementert pa toppen av MPI-1/2/3-spesifikasjonen og avslorer en API som begrunner standard MPI-2 C ++-bindinger.

Hvis du har OpenMPI og mpi4py installert, har du tilgang til Gary Thompsons multi-prosessor rammeverk for MPI parallellisering.

Gary har oppnadd nesten perfekt skaleringseffektivitet:

Avhengigheter.

Python 2,4 til 2,7 eller 3,0 til 3,4, eller en nylig PyPy-utgivelse. En funksjonell MPI 1.x / 2.x / 3.x implementering som MPICH eller Open MPI bygget med delte / dynamiske biblioteker.

Hvordan fungerer det & # 160 ;?

Hvis mpirun startes med «np 4», vil avslappet fa 4 «rang» prosessorer.

slappe av vil organisere 1 prosessor som «arrangor» som sender jobber til 3 slaver, og mottar og organiserer de returnerte resultatene.

slappe av vil bare bruke en prosessor for hoveddelen av koden.

Bare de beregnende tunge delene av slappe av er forberedt pa multibearbeiding.

Og den beregningsmessige tunge delen minimerer for a finne optimale parametere.

Alle andre deler av relax er «lightweight», som bare leser / skriver tekstfiler, eller organiserer data.

For a minimere, samler slappe av alle data og funksjoner som er organisert i klasser, og pakker dette som en selvstendig jobb som skal sendes til en slave for a minimere.

For a pakke en jobb ma jobben ha tilstrekkelig informasjon til a «leve et selvstendig liv». Dataene for a minimere, funksjonene som skal brukes, hvordan behandle resultatet, og sende det tilbake til masteren.

Mesterserveren spor dette: «Slave, finn minimeringen av denne spin cluster, og returner resultatene til meg nar du er ferdig, sa far du en ny jobb».

For eksempel 10 slaver, dette gjor det mulig a.

Samtidig minimere 10 gratis spinn. Gjor samtidig 10 Monte-Carlo simuleringer.

Installer OpenMPI pa linux og sett miljoer.

I .cshrc-fil kan man sette.

Installer mpi4py.

Linux og Mac.

Husk a sjekke om det er nyere versjoner av mpi4py.

Biblioteket mpi4py kan installeres pa alle UNIX-systemer ved a skrive:

Slapp av i multiprosessormodus.

Hvor mange prosessorer skal jeg starte?

Du bor starte sa mange kjerner som du har. Men ikke teller i trader.

I dette eksemplet kan du starte 12 (6 * 2), hvor Relax vil ta 1 for a motta resultater, og 11 for beregninger.

Du kan fortsette a prove dette, til et godt resultat.

hvor N er antall slaver du har. Se mpirun-dokumentasjonen for detaljer – dette er ikke en del av slappe av.

Denne koden kjorer i GUI, skriptgrensesnittet og det hurtige brukergrensesnittet, dvs. overalt.

Hjelper startskript.

Hvis du har flere versjoner eller utviklingsgrener av avslappet installert, kan du sannsynligvis bruke noen av disse skriptene, og sette dem i PATH.

Skript for kraftloping slapper av pa serverdatamaskinen.

Dette skriptet illustrerer et oppsett der de ovennevnte installasjonskravene er oppfylt pa en server-hyse, og hvor satellittdatamaskiner er tvunget til a kjore pa denne datamaskinen.

Filen relax_trunk er gjort kjorbar (chmod + x relax_trunk), og legg inn en PATH, kjent av alle satellittdatorer.

Skript for a lope slappe av med maksimalt antall prosessorer tilgjengelig.

Dette skriptet illustrerer et oppsett, for a teste lopespenningen med maksimalt antall prosessorer.

Filen relax_test gjores kjorbar, og legges inn i en PATH, kjent av alle satellittdatorer.

Skript for kraftloping slapper av pa server-datamaskinen med openmpi.

Setter opp slapp pa supercomputer Beagle2.

Vennligst se innlegg fra Lora Picton relax_on_Beagle2.

Kommandoer og FAQ om mpirun.

Se oracles side pa mpirun og den manuelle openmpi:

For en enkel SPMD-jobb (Single Process, Multiple Data), er den typiske syntaksen:

Finn antall stikkontakter, kjerne og trader.

Test bindingen til kontakten.

Utgang fra en maskin med: Trad (er) per kjerne: 1, Kjerne (r) per sokkel: 4, Socket (s): 1.

Utgang ved kjoring med til mange behandlet fra en maskin med: Trad (er) per kjerne: 1, Kjerne (r) per sokkel: 4, Socket (s): 1.

Utgang fra en maskin med: Trad (er) per kjerne: 2, Core (s) per socket: 6, Socket (s): 2.

Bruk mpirun med ssh hostfile.

Vi har 3 maskiner bax minima elvis.

La oss prove a lage en hostfil og bruke dem samtidig.

Knuteproduktene er en quad-prosessor maskin, og vi onsker a reservere 1 cpu til brukeren pa maskinen.

Lag en vertsfil, For oyeblikket kan jeg ikke fa mer enn 2 ssh a jobbe samtidig.

Prov deretter a kjore noen tester.

Running Parallel Jobs med kosystem.

Kjorer parallelle jobber i Sun Grid Engine Environment.

Test om du har det.

Kjorer parallelle jobber i PBS / dreiemoment.

Test om du har det.

Running Parallel Jobs i SLURM.

Test om du har det.

Oppdater 2013/09/11.

Stor hastighet vinner for avslapningsdispersjonsanalysen – optimalisering bruker na multi-prosessoren.

Avspenningsoptimaliseringen har blitt parallellisert pa nivaet av spin clustering.

Den bruker Gary Thompsons multi-prosessor rammeverk. Dette gjor at koden kan kjore pa multi-core, multi-prosessorsystemer, klynger, grids og hvor som helst OpenMPI-protokollen er tilgjengelig.

Fordi parallelliseringen er pa klyngeniva, er det noen situasjoner, hvor optimalisering blir tregere istedet for optimalisering nar det kjores pa flere slaver.

Dette er tilfellet nar alle spinn som blir studert, er gruppert i et lite antall klynger. Eksempel 100 spinner i 1 klynge.

Det er ogsa sannsynlig at det blir langsommere for a minimere brukerfunksjonen nar det ikke er definert noen clustering pa grunn av overheadkostnadene for dataoverforing (men for tallmodellene vil det i dette tilfellet v re en klar seier).

De to situasjonene der det vil bli en enorm ytelsesvinne, er grid_search brukerfunksjonen nar ingen clustering er definert og Monte Carlo simuleringer for feilanalyse.

Test av fart.

Utforte tester.

A – Relax_disp systemtest.

B – Slapp av full analyse utfort pa datasettet.

Forst initialiser dataene.

Relax_full_analysis_performed_on_dataset.

C – Slapp av full analyse utfort pa datasett med clustering.

Oppsett av test.

Liste over datamaskiner – kommandoen ‘lscpu’.

Utforelsesskript.

Nr exp. = Antall eksperimenter = Antall CPMG-frekvenser subtraherte repetisjoner og referansespekter. MODEL_ALL = [«R2eff», «No Rex», «TSMFK01», «LM63», «LM63 3-plass», «CR72», «CR72 full», «IT99», «NS CPMG 2-plass 3D» NS CPMG 2-sted utvidet ‘,’ NS CPMG 2-stedsstjerne ‘]

Top

Vil du spille i det mest heldige kasinoet? Vi samlet det for deg. Spill her nå!